Ngày 24 tháng 1 năm 2020, Bộ Y tế Pháp xác nhận ba trường hợp bệnh nhân đầu tiên bị ảnh hưởng bởi virus corona Vũ Hán. Vào ngày 29 tháng 1 năm 2020, Viện Pasteur, chịu trách nhiệm giám sát virus hô hấp ở Pháp, đã xác định trình tự toàn bộ bộ gen của virus corona có tên là “2019-nCoV”, đây là tổ chức đầu tiên ở châu Âu xác định trình tự gen virus này kể từ khi đại dịch bùng phát. Quy trình được thực hiện tại Nền tảng chung về vi trùng học (P2M) của Viện Pasteur, nơi thực hiện xác định trình tự bộ gen của các chủng vi khuẩn, virus, nấm và ký sinh trùng nhận từ Trung tâm Tham chiếu Quốc gia và Trung tâm Hợp tác Y tế Thế giới nhằm mục đích giám sát bệnh truyền nhiễm.

Tháng 12 năm 2019, một đợt bùng phát bệnh viêm phổi virus không rõ nguyên nhân đã xuất hiện ở thành phố Vũ Hán, thuộc tỉnh Hồ Bắc của Trung Quốc.

Ngày 9 tháng 1 năm 2020, các cơ quan y tế Trung Quốc và Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã công bố phát hiện một chủng virus corona mới, được gọi là 2019-nCoV, được xác nhận là nguyên nhân gây ra những ca viêm phổi này.

Cuối tuần qua, ngày 11-12 tháng 1, chính quyền Trung Quốc đã chia sẻ trình tự đầy đủ bộ gen của virus corona trong các mẫu lấy từ những bệnh nhân đầu tiên. “Xác định trình tự gen của mầm bệnh rất quan trọng để xây dựng các xét nghiệm chẩn đoán đặc hiệu và xác định các phương pháp điều trị tiềm năng”, bà Sylvie van der Werf, Giám đốc Trung tâm Tham chiếu Quốc gia (CNR) về Virus Hô hấp tại Viện Pasteur cho biết.

Thứ Sáu ngày 24 tháng 1 năm 2020. Pháp ghi nhận phát hiện virus corona

Cuối buổi sáng thứ Sáu ngày 24 tháng 1, Viện Pasteur đã nhận được mẫu của ba trường hợp nghi ngờ (hai bệnh nhân ở Paris và một bệnh nhân ở Bordeaux). “Chúng tôi đã phát hiện ra chủng virus corona mới trong các mẫu xét nghiệm lấy từ những bệnh nhân này,” Sylvie Behillil, Phó Giám đốc Trung tâm Tham chiếu Quốc gia (CNR) tại Viện Pasteur nói.

Từ thứ Sáu ngày 24 tháng 1 năm 2020. Thực hiện xác định trình tự gen virus tại Viện Pasteur

Tối hôm thứ Sáu đó, các nhà khoa học đã bắt đầu quá trình xác định trình tự bộ gen virus dựa trên các mẫu. Trung tâm Tham chiếu Quốc gia (CNR) đã thực hiện các bước chuẩn bị, sẵn sàng cho P2M có thể tiến hành ngay các bước xác định trình tự gen vào thứ Hai tuần sau. Việc chạy trình tự đã được hoàn thành vào tối ngày thứ Ba và các nhà khoa học đã sử dụng phân tích dữ liệu để thu được trình tự của toàn bộ bộ gen ở hai trong ba trường hợp được xác nhận đầu tiên ở Pháp. “Điều này chứng tỏ tính hiệu quả của quy trình phân tích dựa trên xác định trình tự gen virus của CNR”, Vincent Enouf cho biết.

Thứ Năm ngày 30 tháng 1 năm 2020. Viện Pasteur thu thập và chia sẻ toàn bộ chuỗi gen virus

P2M hiện đang hoạt động cực kỳ hiệu quả; thời gian trung bình thực hiện giải trình tự gen nằm trong khoảng từ ba ngày (đối với trường hợp khẩn cấp) đến tối đa là mười ngày. Trong trường hợp virus corona, chỉ mất ba ngày để xác định toàn bộ chuỗi gen: “Chúng tôi đã thực hiện phân tích dữ liệu suốt đêm thứ Ba đến sáng thứ Tư, sau đó đối chiếu kết quả vào thứ Tư với phân tích phản biện”, Vincent Enouf giải thích. “Toàn bộ chuỗi đã được xác nhận chỉ trong ba ngày.”

Toàn bộ trình tự bộ gen của virus corona 2019-nCoV, trong một trong những trường hợp nhiễm đầu tiên của Pháp, được thực hiện tại Viện Pasteur (Paris), sử dụng Nền tảng chung về vi trùng học (P2M), hiện có ở tất cả các Trung tâm Tham chiếu Quốc gia Pháp. Bản quyền: Viện nghiên cứu Pasteur / CNR về virus nhiễm trùng đường hô hấp.

Cận cảnh chuỗi 2019-nCoV, được thực hiện tại Viện Pasteur (Paris). Chúng tôi thấy các base trong RNA virus. Bản quyền: Viện nghiên cứu Pasteur / CNR về virus nhiễm trùng đường hô hấp.

Có thể học được gì từ kết quả này? “Các trình tự là giống hệt nhau trong tất cả các mẫu. Chứng tỏ vợ hoặc chồng đã lây nhiễm cho người còn lại, vì virus là như nhau.” Hai chuỗi đầy đủ của virus được phân lập ở hai trong số các trường hợp đầu tiên của Pháp đã được gửi tới Nền tảng Sáng kiến ​​Toàn cầu về Chia sẻ Dữ liệu Cúm (GISAID). Ban đầu, GISAID được phát triển để chia sẻ trình tự và theo dõi quá trình tiến hóa di truyền của virus cúm – bước quan trọng để xác định thành phần của vaccine cúm. Một thẻ đặc biệt mang tên “virus corona” đã được tạo ra để cộng đồng khoa học có thể làm việc cùng nhau và tiến bộ nhanh hơn.

“Khoảng hai mươi trình tự khác của bộ gen virus corona đã được thu thập trên toàn thế giới và nếu chúng ta so sánh những trình tự gen đó với kết quả của chúng tôi ở đây, chúng ta có thể thấy sự tương đồng; không có nhiều sự đa dạng trong các virus được phân tích, điều đó cho thấy coronavirus 2019-nCoV không nhất thiết phải đột biến để thích nghi và lan rộng, “Vincent Enouf tiếp tục.

Trung tâm Tham chiếu Quốc gia (CNR) về Virus hô hấp tại Viện Pasteur ở Paris là một trong những phòng thí nghiệm tham khảo của WHO về coronavirus 2019-nCoV.

Tổng cộng có tám người từ CNR và hai người từ Nền tảng chung về vi trùng học (P2M) đã làm việc cật lực trong tuần này và sẽ tiếp tục theo dõi tình hình dịch cúm virus corona ở Pháp.

(Nguồn bài viết: https://www.pasteur.fr/en/press-area/press-documents/institut-pasteur-sequences-whole-genome-wuhan-coronavirus-2019-ncov)